از آغاز همه گیری بیماری کووید ۱۹ در کشور، فدراسیون پزشکی ورزشی در راستای رسالت خود در جهت افزایش سطح سلامت جامعه ورزشی کشور، هماهنگ با وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی، مقابله با این بیماری را  در دستور کار خود قرار داد.  
ابتدا محورهای مبارزه با همه گیری بیماری کووید ۱۹ به شرح ذیل تدوین و تشریح شد:
۱.     تهیه و تدوین پروتکل های مقابله با کرونا در ورزش (حسب رشته ها، رویدادها و اماکن ورزشی مختلف)
۲.     نظارت بر اجرای پروتکل ها
۳.     پایش اجرای پروتکل ها
۴.     انعکاس نتایج پایش به متولیان اجرایی جهت اقدام لازم
در خصوص تدوین پروتکل ها ضمن برگزاری جلسات ستاد مقابله با کرونا در ورزش با حضور اعضاء ثابت شامل نماینده ستاد مبارزه با کرونای استان تهران، نماینده واحد بهداشت محیط وزارت بهداشت، نماینده کمیته ملی المپیک، نماینده وزارت ورزش و جوانان و کارشناسان علمی فدراسیون، تک تک روسای فدراسیون ها دعوت و پروتکل پیشنهادی هر فدراسیون بر اساس دستورالعمل های فدراسیون جهانی دریافت و توسط کارگروه علمی ستاد مورد بازنگری و تکمیل قرار می گیرد. در ادامه، پروتکل پیشنهادی طبق دستورالعمل های ابلاغی وزارت بهداشت با حضور کارشناسان و مدیران معاونت بهداشت وزارت بهداشت مورد بازنگری نهایی قرار گرفته و پس از تایید آن وزارتخانه به فدراسیون های ورزشی ابلاغ می شود.
بدین منظور جلسات متعددی با حضور کارشناسان خبره و مدیرکل محترم واحد بهداشت محیط و نیز معاونت محترم بهداشت وزارت بهداشت جناب آقای دکتر رئیسی برگزار شد.  
در خصوص نظارت بر اجرای پروتکل ها ضمن تدوین چک لیست ها و فرم های نظارت، بالغ بر صد نفر افسر کنترل سلامت در سراسر کشور جهت نظارت بر اجرای پروتکل ها در مسابقات ورزشی و بالغ بر ۷۰۰ نفر از ناظران ستاد نظارت بر باشگاه ها به منظور نظارت بر اجرای پروتکل ها در اماکن ورزشی تحت آموزش قرار گرفتند.  
ابلاغ پروتکل ها و نظارت مستمر بر حسن اجرای آنها نتایج درخور توجهی را به همراه داشته است.
همچنین سامانه ثبت شکایات و گزارش های مردمی در خصوص عدم رعایت دستورالعمل ها، به ده ها گزارش از باشگاه های مختلف کشور انجامیده که متعاقبا به بازرسی و راستی آزمایی توسط هیات های پزشکی ورزشی استان ها منجر شده و نتیجه آن به ادارات کل اعلام شده است.
در بخش پایش گزارش کامل از نتیجه نظارت های انجام شده تهیه و علاوه بر ستاد مقابله با کرونا در ورزش، به اطلاع وزارت بهداشت نیز رسیده   است.
در نهایت فدراسیون پزشکی ورزشی فراهم آوردن شرایط بازگشت به ورزش در   جامعه با حفظ سلامت آحاد ورزشکاران را هدف اصلی خود می داند.