کمیته های ستادی فدراسیون پزشکی ورزشی تشکیل شده از:

1.  کمیته آموزش و پژوهش

2.  کمیته امور پزشکی فدراسیون ها

3.  کمیته اداری

 4.  کمیته پشتیبانی

5.   امور استانها

6..  کمیته تغذیه

7.  کمیته توانبخشی

8.  کمیته درمان

9. روابط عمومی و امور بین الملل

10.  کمیته روانشناسی

11. کمیته خدمات درمانی

12.  کمیته طرح و برنامه

13.  کمیته مالی

14. ستاد نظارت بر سلامت باشگاه ها