کمیته های ستادی فدراسیون پزشکی ورزشی تشکیل شده از:

1.  کمیته آموزش و پژوهش

2.  کمیته پوشش پزشکی مسابقات 

3.   امور استانها

4.  کمیته درمان

5. روابط عمومی

6.  کمیته روانشناسی

7. کمیته خدمات درمانی

8.  کمیته مالی

9. کمیته نظارت بر سلامت باشگاه ها

10. کمیته ورزش دانش آموزی